纳税人自行开具增值税发票时，通过新系统中差额征税开票功能，录入含税销售额(全部价款和价外费用)和扣除额，系统自动计算税额和不含税金额，备注栏自动打印“差额征税”字样，发票开具不应与其他应税行为混开。
在《增值税纳税申报表附列资料（一）》中，按增值税发票（含增值税专用发票、增值税普通发票，下同）开具金额、税额填入第5行第1和第2列、第3和第4列的“销售额”、“销项(应纳)税额”；将代为支付的费用填入第5行第12列“服务、不动产和无形资产扣除项目本期实际扣除金额”。
在《增值税纳税申报表附列资料（三）》中，按增值税发票价税合计填入第3行“6%税率的项目（不含金融商品转让）”第1列“本期服务、不动产和无形资产价税合计额（免税销售额）”；将代支付的费用填入第3行第3列“本期发生额”栏次。
以旧换新可以差额开票吗
根据《财政部 国家税务总局关于金银首饰等货物征收增值税问题的通知》（财税字[1996]74号）第一条规定，考虑到金银首饰以旧换新业务的特殊情况，对金银首饰以旧换新业务，可以按销售方实际收取的不含增值税的全部价款征收增值税。其他业务以旧换新的，没有差额征收的优惠。
差额扣除小规模怎么申报
差额扣除小规模申报应税行为有扣除项目的纳税人，应当填写差额扣除前的销售额。
纳税申报是指纳税人按照税法规定的期限和内容向税务机关提交有关纳税事项书面报告的法律行为，是纳税人履行纳税义务、承担法律责任的主要依据，是税务机关税收管理信息的主要来源和税务管理的一项重要制度。
水费差额征收如何申报
1、物业服务差额并简易，
适用政策：《国家税务总局关于物业管理服务中收取的自来水水费增值税问题的公告》（国家税务总局公告2016），允许提供物业管理服务的纳税人，向服务接收方收取的自来水水费，以扣除其对外支付的自来水水费后的余额为销售额，按照简易计税办法依3%的征收率计算缴纳增值税。
2、物业服务外的企业，转售自来水按货物销售13%税率。
